La prima raccolta e custodia dei documenti riguardanti l’Opera è stata nella Casa del Noviziato a San Remo dal 1899 al 1903. Nel 1905 don Orione dispone che si stabilisca un archivio dove riporre al sicuro carte e documenti della Congregazione, in modo che anche in caso di incendio, non vadano perduti. Stabilitasi la Casa Madre a Tortona, in via Emilia, vi si dispose e custodì tutto il materiale importante e utile alla storia dell’Opera.
Il primo archivista della Congregazione fu Don Luigi Orlandi, già segretario di Don Orione. Durante la seconda guerra mondiale, il materiale fu decentrato in varie Case isolate dell’Opera: Eremo S.Alberto di Butrio, Casa Molinotto di Villa Romagnano a Tortona e altrove, oltre che presso parroci amici.
Nel 1952 si stabilì a Roma la direzione generale della Congregazione, quindi l’archivio venne trasportato nei locali del Centro Mutilatini di via della Camilluccia a Monte Mario.
Nel 1958 fu poi trasferito in quelli sottostanti la grande statua della Madonna Regina dell’Universo che sovrasta Roma.
Nell’ottobre 1972 l’archivio venne poi trasferito nella sede della nuova Curia Generalizia in via Etruria a Roma.
Fino alla Beatificazione di Don Orione, 26 ottobre 1980, il materiale d’archivio fu in uso riservato ed esclusivo, e come tale affidato ad essa, della Postulazione dell’Opera.
Nel 2007 l’archivio viene definitivamente trasferito all’interno dell’Istituto S. Filippo, in via Don Orione 8, nei locali attrezzati per garantire la conservazione e la consultazione dei documenti.